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Table of Contents
  Chapter 1
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
APPENDIX A
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Chapter 10 Searchメニュー
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この章ではSearchメニューの機能について説明します。ここではデータベース中の遷移状態との類似点にもとづいて“新しい”反応に対する遷移状態を推測するための方法を説明します。

Searchメニューは遷移状態構造を推定するための機能を持っています。

Transition States ()

Spartanにはデータベース中のデータと一つ以上関連のある反応の類似点をもとに遷移状態構造を推定する機能があります。常に「正確な一致」の可能性がありますが、そのような場合にはその推定が「正確な遷移状態」となります。一般的には、正確な一致でない場合は、Spartanはデータベースを用いて出来る限り一致に近づけようとします。これには概してより少なく置換された系、または置換基が異なる系が含まれます。Spartanはデータベース中の共通する遷移状態構造の部分を使い、残りの部分は分子力学を用いて構成します。配座探索を行わないため、必要な反応の立体化学の出力を反映するためには反応物が正しく配向されていることが不可欠です。その点に関しては、反応が分子性における変化(すなわちA+B→C)を伴うときは、立体化学が定義された「単分子側」(生成物)から始めることでより簡単に出来ます。

データベースにまったくないヒットしない場合は、反応系と生成系のそれぞれの構造の幾何平均(各々の成分の平均値を採用)が採用されます。

Spartanの遷移状態推定処理の入力法は(有機)化学者にとても良く知られている“矢印を描く”方式にもとづいています。反応は曲がった矢印を使って示され、各矢印が電子対の移動を表しています。電子の流れの方向は通例の習慣に従います。

Transition Statesを選択すると画面左下にメッセージが出てきます。