Main Page
Table of Contents
  Chapter 1
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
Help Menu
Index
 



Chapter 6 Geometryメニュー
Page 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8

Define Plane

これを選択すると三個の原子からなる面(四個以上の原子を選択するとその最小二乗に適合させた面)を定義し表示します。Define Planeを選ぶと画面の左下に次のようなメッセージが表示されます。

この表示にしたがって三個以上の原子をクリックしてください。指定する順序はどんな順序でもかまいません。グループの最後に当たる原子を指定するためには、その原子を二回クリックします。この操作が終了すると、三個の原子あるいは(四個以上の原子を指定すると)最小二乗面が決定され、マゼンタ色の面が表示されます。この面は結合距離や結合角度を測定する際に「原子」のように扱うことが出来ます。必要なだけ面を定義することができます。

面を取り除くためには、BuildメニューからDeletを選び(あるいはTool Paletteの中のをクリックしてください。キーボードのDeleteキーも使用できます。)次いで面をクリックします。

Align Molecules

これを選択すると二個以上の選択された原子を同じ配置にすることで、リストの中の分子を整列させることができます。これを選択すると画面の左下に次のようなメッセージが表示されます。

原子はクリックすることで選択でき選択した原子に赤い円が表示されます。さらに選択した原子をニ回目に選択する時は一列に並べる手順はラベルを無視するよう指示します。すなわち、単純に、選択した位置にどの原子でもいることを指示することになります。三回目のクリックは原子の選択の解除を意味します。選んだ原子配置がラベルを考慮する場合は一重の赤い円が表示され、ラベルが無視されるならば二つの赤い同心円が表示されます。整列を意味あるものにするためには少なくとも三個の(共に直線でない)原子を選択することが必要であり、十個以内の原子を選択することが推奨されます。原子を選んだ次に、画面の右下のAlignボタンをクリックすると分子は整列します。一度選択すると整列の情報は失われないことに注意してください。再度整列させたい場合はもう一度Align Moleculesを選択しAlignをクリックすることで「再整列」させることができます。