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Table of Contents
  Chapter 1
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
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Chapter 7 Buildメニュー
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Break Bond ()

これは存在している結合を切断し、1つ以上のフリーバレンスにすることができます。選択するとスクリーン左下にメッセージが表示されます。

結合をクリックすると、その結合が切断され、関連している原子上のフリーバレンスが自動的に元の状態に戻ります。結合を削除するとフラグメントに別れる場合があることに注意してください。

結合の切断はモデルキット中のどれかのボタン、あるいはメニューを選択すると終了します。

Minimize ()


組み立てた分子の初期構造は適当な構造ではありません。それ故、経験的な分子力学法を用いた構造最適化を最初におこなうのが便利です。これを選択すると画面の左下に次のようなメッセージがあらわれます。MMFF94力場に基づく分子力学最小化プログラムが利用できます。選択すると画面左下に以下のようなメッセージを表示します。*

画面の下に最終的な力学的ひずみエネルギーが表示されます。最適化は右画面下のStopをクリックすることでいつでも終了することができます。構造中に設定した束縛条件(Chapter6のConstrain、Distance、Constrain Angle、Constrain Dihedral参照)は最適化の間有効です。また原子の凍結(Chapter 6のFreese Centier参照)も同様に最適化の間有効です。Buildモードの時、Minimzeが正常化するとプログラムは“Add Fragment”モードに戻ります。

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