マウスの操作方法
以下は標準の2ボタンマウスを使用した場合の機能をまとめたものです。

マウスとキーボードによる操作は大きくわけて、選択（ピッキングともいいます）と回転や平行移動の操作に分けられます。

選択
左ボタンは画面上のオブジェクトあるいはメニューを選択するために使います。左ボタンと右ボタンを一緒に押すとクリップボードへのコピー／カットおよび分子の一部分のモデル形式や色を変更するための選択ボックスを表示するために使います。Ctrl（Control）キーと一緒に左ボタンを使うと画面上のすべてのオブジェクトを同時に動かすことができます。複数の選択はテキストだけでなく原子や結合にも行うことができます。Altキーと一緒に左ボタンを使うと原子を回転したり結合をのばしたりすることができます。

操作
左ボタンは回転に、右ボタンは移動や拡大縮小に使います。他にキーを幼い場合は、左ボタンは画面のX、Y回転を右ボタンはX、Y移動を行います。Shiftキーと左ボタンを使うとZ軸方向の回転を、右ボタンを一緒に使うと拡大縮小を行うことができます。

CtrlキーとShiftキーを一緒に押しながら、左または右ボタンを一緒に使うと、回転や移動と異なる機能を持たせる事ができます。“build mode”の外では選択した分子一つだけを動かすことができますが、Ctrlキーと使用することによって画面上の複数の分子を回転させたり移動させたりすることができます。“build mode”の中では画面に表示されている複数の分子を同時に動かすことができますがCtrlキーを使うことで一つの分子だけの回転や移動を行うことができます。

さらにAltキーと左ボタンを一緒に使うと、選択した結合の回りで回転させることができます。また、右ボタンと一緒に使うと選択した結合の伸縮を行うことができます。