分子力場は、巨大分子の構造を求めたり自由度の高い分子の配座解析をする場合には唯一現実的なアプローチといえます。特にMMFF94力場は配座解析をする時には威力を発揮し、「軽い」計算を実現する計算エンジンといえます。適用モデルサイズは1000原子以下となっています。

力場パラメータとしてはSYBYL力場とMMFF94力場の2種類を実装しており、SYBYLは全周期表の<元素に拡張されています。MMFF94は有機分子や生体高分子の構造や配座を再現するようにパラメータ化されています。

半経験的分子軌道計算は量子化学的手法の中では最もシンプルな手法で、平衡状態や遷移状態の構造またはエネルギーを求めるのに使用できます。特にPM3は遷移金属元素などが拡張されており、そのような原子種を含む、無機、または有機金属錯体などのモデルにも適用できます。200原子以下の系に適用が可能です。Spartan'06 for WindowsではAM1、PM3、MNDOの3種をサポートしており、MNDO/dは典型元素の一部にd軌道の拡張をいれています。またPM3はほぼ全ての遷移元素が扱えます。

AM1,PM3、MNDO,RM1の４つのSpartan'06には新しいRM1(Recife Model 1)パラメータが導入されました。 これはAM1の改良版ともいえるもので有機分子においてはほとんどの場合、AM1、PM3よりもよい結果を得られることがわかっています。（MNDOとの比較はSpartan'06のリリース時点で確認できておりません）