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構造のリファインと解析機能:
     
  構造のリファイン MMFF94分子力場による(歪み)エネルギーの最小化により構築中の分子構造をリファイン
     
  キラリティの逆転 キラル中心においてR/Sのタイプの指定が可能で、簡単に逆転することができます。
     
  構造情報の計測 原子間の距離、角度、2面角、を計測、スプレッドシートへの挿入、拘束が可能その他、分子表面積、PSA、分子の体積などの情報をスプレッドシートに挿入
     
  分子の重ね合わせ 複数の分子または配座をもつ分子群のファイルにおいて、構造またはCFDを基準とした重ね合わせ
     
  スプレッドシートの機能 Spartanで計算された各種プロパティを挿入管理。MicroSoft Excelなどの表計算ソフトとのコピー/ペースト可能。線形回帰計算の機能付
     
  グラフ作成 Spartanのスプレッドシートの情報を使用して2D、3Dのグラフの作成が可能
     
グラフィックス表示:  
  分子モデル

分子構造は、Wire、Ball&Wire、Tube、Ball&Spoke、Spece Fillingでそれぞれ表示可能ユーザ定義の点や面をそれに付加でき、計測点、面として使用可能。オブジェクトは個々に色を指定でき、重ね合わせの時などにわかりやすい表示を可能とする双極子モーメントのベクトル表示もモデル表示に付加可能

     
  生体高分子 ポリペプチド、ポリヌクレアチドは標準の表示モードに加えて、主鎖をリボン、ライン、ビーズとして表示、2次構造別、鎖別、残基別の色分けも可能. PDBファイルに独立したリガンド分子を持つファイルを読み込むと自動的に生体高分子はリボンで、リガンドは半透明モデルで表示
     
  水素結合 分子内(間)の水素結合の可能性のある部位を自動的に判断し表示可能