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  サーフェスとマップ

全電子密度、スピン密度、分子軌道、静電ポテンシャル、およびイオン化ポテンシャルについては分子近傍における等値面を作成表示することができます。(これをサーフェスといっています)また、全電子密度面上の分子軌道や静電ポテンシャルの分布を色分けすることも可能です。(これをマップとよんでいます)サーフェスやマップは不透明、半透明、メッシュ、ドット(点描画)による表示が可能で、特にマップの場合には、サーフェス(マップ)上の位置をクリックすることで、その場所でのプロパティ(分子軌道や静電ポテンシャル)の値を計測することが可能です。

アクセス可能領域の表示、PSAの代替に使用可能な(Polar Areaと命名しました)静電ポテンシャルエネルギーによる閾値での面積の算出も可能です。

     
  断面表示 全電子密度、スピン密度、分子軌道、静電ポテンシャル、およびイオン化ポテンシャルについて、特定の平面または曲面を与えて、その面上のマップを描画することができます。
     
  アニメーション表示 分子リストにおいて作成された、サーフェスやマップ(スライスも含みます)を伴った分子構造はパラパラマンガのように表示させてアニメーション表示ができます。表示はマニュアルで1コマずつの表示と自動表示(ビデオ再生ボタン)の切り替えができます。このような機能を利用して化学反応のや配座同士の動きの表現ができます。また基準振動モードを再現することで反応系から生成系までなめらかに動く反応座標を表示することも可能です。
     
  3次元的表示 分子モデルやサーフェス、マップなどのモデルは赤/青の色セロファンの眼鏡をかけることで立体的に見える表示モードに変更することができます。またSHARP 3Dの裸眼立体視のシステムもサポートしています。
     
  複数のモデル スクリーンには必要なだけ複数の分子モデルを表示でき、それぞれがサーフェスなどと同時に表示してもかまいません。また類似構造をもつ分子群は重ねあわせ機能を使って同じ立体的配置にそろえて表示することができます。
     
  化学特性ディスクリプター(CFD) Spartanでは分子の重ね合わせや類似性解析を行う際にCFDの表示や作成、編集が可能です。CFDとは一般的なファーマコフォアの定義に使用される、水素結合性のドナー、アクセプター、正負のイオン化中心芳香族性、疎水性の領域と、排除体積です。