周期表から原子タイプを選択して構造を入力するだけでなく、結合のタイプの修飾も可能です。リガンドなどライブラリーも有しています。

核酸のライブラリから選択することで、DNA、RNAの一重または二重螺旋構造などの入力を可能とします。

ビルダーに装備している分子力場（MMFF94）により、構築中の分子構造のリファインを行います。

既知の遷移構造のデータベースからパターンマッチングにより類似構造をイニシャルゲスとして提供します。検索条件は電子の移動を矢印での入力によります。

分子構造の表示モードとして、単純なワイヤー表示、ボール＆ワイヤー表示、チューブ表示ボール＆スポーク表示、空間充填モデル表示から選択できます。

原子中心やユーザ定義による点／平面を使用した、距離、角度、二面角の計測、空間充填モデルの分子表面積と分子の体積の計測が可能です。

双極子モーメントの表示が矢印で表現できます。

ポリペプチド／ポリヌクレオチドはリボン表示し、二次構造や残基の種別による色分けも可能です。

全電子密度、スピン密度、分子軌道、静電ポテンシャル、およびイオン化ポテンシャルについては分子近傍における等値面を作成表示することができます。（これをサーフェスといっています）また、全電子密度面上の　 分子軌道や静電ポテンシャルの分布を色分けすることも可能です。（これをマップとよんでいます）サーフェスやマップは不透明、半透明、メッシュ、ドット（点描画）による表示が可能で、特にマップの場合には、サーフェス（マップ）上の位置をクリックすることで、その場所でのプロパティ（分子軌道や静電ポテンシャル）の値を計測することが可能です。

分子リストにおいて作成された、サーフェスやマップ（スライスも含みます）を伴った分子構造はパラパラマンガのように表示させてアニメーション表示ができます。表示はマニュアルで１コマずつの表示と自動表示（ビデオ再生ボタン）の切り替えができます。このような機能を利用して化学反応のや配座同士の動きの表現ができます。また基準振動モードを再現することで反応系から生成系までなめらかに動く反応座標を表示することも可能です。

分子モデルやサーフェス、マップなどのモデルは赤／青の色セロファンの眼鏡をかけることで立体的に見える表示モードに変更することができます。

分子リストの場合には個々モデルにおけるプロパティをスプレッドシートにPOST「入力」することで2次元のグラフを作成することができます。

出力結果（アプトプットリスト）を表示します。分子リストの場合には個別の分子モデルの出力を個々のOutputダイアログで表示します。

BMP、JPEGフォーマットによる静止画　
AVIフォーマットによるアニメーション表示（分子リスト作成時）