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計算のタスク計算可能なプロパティ| 新機能 | 価格
Spartan のユーザインターフェイス
Spartan Student Editionは種々の機能が内蔵された使いやすい単一のユーザインターフェイスを装備しています。
このインターフェイスはSpartan'14の使いやすさを維持しつつ、より簡略化したものです。ご自分の分子を構築、計算を実行し、分子内の電荷分布などを可視化するなどの処理を 非常に短時間に行うことができるように設計されています。
分子ビルダー/インポート/エキスポートなど
Organic

sp3構造の炭素など有機化学で必ず現れるフラグメントライブラリー(パネルキット)から選択して、分子を構築します。

Inorganic

周期表から原子タイプを選択して構造を入力するだけでなく、結合のタイプの修飾も可能です。リガンドなどライブラリーも有しています。

Peptide

アミノ酸残基の列の入力によりへリックス構造やシート構造などのポリペプチド鎖を入力できます。

Nucleotide

核酸のライブラリから選択することで、DNA、RNAの一重または二重螺旋構造などの入力を可能とします。

2D

ChemDraw(10以降のライセンスを別途必要とします)の2Dビルダーにシームレスなアクセスが可能です。

Library

内蔵のフラグメントライブラリから構造を呼び出せます。ライブラリはカスタマイズ可能です。

Clipboard

一度作った分子やフラグメントを保管してパーツとして使用できます。

Import

Spartan, SYBYL MOL/MOL2, PDB, MacroModel, smiles, XYZ, SDF, TGF, SKC, CIF(対称条件無し), CDX, JCAMP各形式。

Export

Spartan, SYBYL MOL/MOL2, PDB, XYZ各形式による構造情報。JPG, PNG, BMP各形式による画像情報。QuickTime形式によるアニメーション。


リファインメント/分析
構造最適化

ビルダーに装備している分子力場(MMFF94)により、構築中の分子構造のリファインを行います。

キラル中心の変換

キラル中心におけるR/Sの指定ができます。

構造の計測

原子間距離、角度、二面角、分子表面積、PSA、分子体積について計測とスプレッドシートへの導入が可能。

分子の整列

スプレッドシートにリスト化された、分子群や配座群において、指定原子点やCFD基準による整列を行います。

スプレッドシートデータの取り扱い

Excelなど表データとのコピー・ペーストが可能で、Spartan内部で線形回帰機能が可能。

グラフの作成

スプレッドシートデータからの2Dグラフ作成機能、およびIR,NMRスペクトルの計算値および実験値によるプロット作成。


グラフィックス表示
分子モデル

分子構造の表示モードとして、単純なワイヤー表示、ボール&ワイヤー表示、チューブ表示、ボール&スポーク表示、空間充填モデル表示から選択できます。 原子中心やユーザ定義による点/平面を使用した距離、角度、二面角の計測、空間充填モデルの分子表面積と分子の体積の計測が可能です。双極子モーメントは+符号と矢印で表示されます。

生体高分子モデル

ポリペプチド/ポリヌクレオチドはリボン表示、二次構造や残基の種別による色分けも可能です。

水素結合

分子内、分子間の水素結合を表示します。

サーフェスとマップ表示

全電子密度、スピン密度、分子軌道、静電ポテンシャル、およびイオン化ポテンシャルについては分子近傍における等値面を作 成表示することができます。(これをサーフェスといっています)また、全電子密度面上の  分子軌道や静電ポテンシャルの分布を色分けすることも可能です。(これをマップとよんでいます)サーフェスやマップは不透明、半透明、メッシュ、ドット (点描画)による表示が可能で、特にマップの場合には、サーフェス(マップ)上の位置をクリックすることで、その場所でのプロパティ(分子軌道や静電ポテ ンシャル)の値を計測することが可能です。
球体の半径を与えた接触可能面積の表示や静電ポテンシャルの指定領域の上下で定義されるPolar AreaをPSAの代替として使用可能

スライス(断面)表示

電子密度、スピン密度、分子軌道、静電ポテンシャル、局所イオン化ポテンシャルの断面における等高線を表示します。

アニメーション表示

分子リストにおいて作成された、サーフェスやマップ(スライスも含みます)を伴った分子構造はパラパラマンガのように表示 させてアニメーション表示ができます。表示はマニュアルで1コマずつの表示と自動表示(ビデオ再生ボタン)の切り替えができます。このような機能を利用し て化学反応のや配座同士の動きの表現ができます。また基準振動モードを再現することで反応系から生成系までなめらかに動く反応座標を表示することも可能です。

立体的3次元表示

分子モデルやサーフェス、マップなどのモデルは赤/青の色セロファンの眼鏡をかけることで立体的に見える表示モードに変更することができます。

複数分子の表示

必要な複数分子を関連するサーフェスやマップも含めて同時表示が可能。


ダイアログ
Calculations

1つの画面で分子力場や分子軌道計算の設定を各メニューの選択により簡便に行なえます。別の"Surface"ダイアログにより、サーフェス、プロパティマップ、スライスの設定ができます。

Output

計算結果を表示します。個々のダイアログはテキスト形式です。

Properties

テキスト形式のOutputからではなく、エネルギー、双極子モーメント、原子電荷など、各種プロパティ(計算結果)にアクセスできます。選択物の有無によってダイアログの内容が変わるコンテクスト形式になっています。

Spreadsheet

リスト化された分子ファイルで個々の分子の計算結果を表にまとめることができます。

Surfaces

サーフェスやマップの設定と表示を行ないます。

Reactions

反応のエネルギーを計算するためのダイアログで、計算値のほか、Spartan Molecular Databaseの値を使用することもできます。

Database

SMD、SSPD等データベース検索を行うためのダイアログです。