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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
付録C(Appendix C) - 通常用いるプログラムオプション
 (Commonly-Used Program Options)

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この付録では、一般に用いるプログラムオプションの多くについて説明します。これらのオプションはSetupメニューのCalculationsダイアログにあるOptionsボックスへのキーワード入力によって指定します。キーワードは大文字・小文字の区別はしません。等号("=")をキーワードの後に用いて整数、実数、文字列の値を与えます。キーワードは単一の言葉か表現のいずれかです。キーワード=Nは整数の関数、キーワード=Cは独自の関数、そしてキーワード=Fは変動するポイント関数を示しています。実数は10の指数を表す"e"を含めた浮動小数点で記すこともできます。下記の表では、キーワードのデフォルト値はボールド体で示してあり、代わりに選択できる値は斜体で示してあります。表中の値の項に用いた記号はそれぞれ、C:文字列、N:整数値、F:浮動小数点を意味します。
 

配座探索(Conformational Searching)

配座探索に用いられるキーワードを示します。

 
キーワード 説明
     
SearchMethod C

コンフォメーションサーチの手法を選択します:デフォルトでは系の複雑さによって次のいずれかの手法を選択しますが、それを無効にして以下のうちから指定した手法で実行します
Systematic 系統的な手法を用います
MonteCarlo Monte-Carlo 法を用います

MaxConfs N Monte-Carlo サーチ(のみ)に体する配座の最大値をNに設定します。プログラムは全母集団をあらわす最も多様なコンホマーの集合を選ぼうとします。デフォルト値は100です
Window F 保存しておくコンホマーの最大エネルギーを最低エネルギー+ F (kcal/mol単位)に設定します。ここでの最低エネルギーはコンホメーションサーチで得たコンホマーのうちで最も低いエネルギーです。デフォルトは10 kcal/molです。