Spartan
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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 1 - Macintosh版Spartan'02
 (Spartan'02 for Macintosh)
 
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このインターフェースには有機・有機金属的反応のデータベースから遷移状態を推測する手順だけでなく、有機・無機・有機金属分子やポリペプチド、ポリヌクレオチドのビルダーも含まれています。
このインターフェースはまた、分子力学モデル、半経験的なHartree-Fock分子軌道モデル、および密度汎関数法を含む、相関モデルと呼ばれる最新の計算方法の全領域に通じています。これらのモデルは全てのアプリケーションに対して「理想的なもの」ではありません。*

最も洗練されている量子化学モデルは優れた結果が得られる反面、ルーチン的な応用に対しては時間がかかりすぎることから、より時間がかからない計算方法との併用が必要となります。Spartan'02のインターフェースは異なる二種類のモデルである分子力学と量子化学を“結合し調和させること”を円滑に行うことができます。それによってあるモデルで得られた結果をより優れた別のモデルを使って高度な計算を行うことが容易にできます。

Spartan'02の最も単純な計算方式はSYBYLやMMFF94力場を使った分子力学モデルです。このモデルは数千個以上の原子を含む分子の平衡形態や構造の決定に適用できます。最も安定な配座異性体の認定と“合理的な”低エネルギー配座異性体候補の同定の両方を担う構造解析は分子力学の最も重要な役割と言えるでしょう。

最も単純な量子化学的手法である半経験的分子軌道モデルは1~100個の原子の系にルーチン的に使用できます。このモデルは平衡状態や遷移状態での形状を与えるだけでなく、熱化学的・速度論的データを得るためにも利用でき、配座探索にも使うことができます。(周期表の2列目およびより重い典型元素に対するdを拡張してある)MNDOモデル、AM1モデル、およびほとんどの遷移金属に対するパラメータを持っているPM3モデルがSpartan'02でサポートされています。



   
* Spartan'02で利用できる分子力学と量子化学の詳細の議論と明確な評価は同梱のガイドブックを利用してください:W.J. Hehre, A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations, Wavefunction, Irvine, 2002.
また、次の文献も参考になります:W.J. Hehre, L. Radom, P.v.R. Schleyer and J.A. Pople, Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley, New York, 1986; J. Kong, C.A. White, A.I. Krylov, C.D. Sherrill, R.D. Adamson, T.R. Furlani, M.S. Lee, A.M. Lee, S.R. Gwaltney, T.R. Adams, C. Ochsenfeld, A.T.B. Gilbert, G.S. Kedziora, V.A. Rassolov, D.R. Maurice, N. Nair, Y. Shao, N.A. Besley, P.E. Maslen, J.P. Dombroski, H. Daschel, W. Zhang, P.P. Korambath, J. Baker, E.F.C. Byrd, T. Van Voorhis, M. Oumi, S. Hirata, C.-P. Hsu, N. Ishikawa, J. Florian, A. Warshel, B.G. Johnson, P.M.W. Gill, M. Head-Gordon and J.A. Pople, J. Computational Chem.,21,1532 (2000).