Spartan
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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 3 - 有機分子(Organic Molecules)
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この章では原子フラグメント、官能基、環を使ってどのように有機分子モデルをl組み立てるか、量子化学計算をどう実行するか、そしてグラフィクデータをどう解析するかを説明します。

Spartan'02のモデルキットに内蔵された最も簡単な分子のビルディングブロックは「原子フラグメント」です。原子フラグメントでは原子種(例えば炭素)と局所的な結合の性質(例えば四面体構造)を指定します。しかし、たいていの有機化学は原子の集団である官能基で整理されており、官能基の構造や性質は各分子中でほぼ同じです。モデルキットには簡単に拡張したり修飾したりできる官能基の小さなライブラリーが内蔵されています。カルボン酸基の修飾を例にすると酸素のフリーバレンス(金色で表示されている)を消去してカルボキシレートアニオン基を作ったり酸素のフリーバレンスに四面体sp3炭素を加えてエステル基を作ったりすることできます。

いくつかの原子からなる環構造も有機分子の一般的なビルディングブロックであり、モデルキットは通常出会う炭化水素環のライブラリーを内蔵しています。それらは原子を置き換えることで容易に修飾することができます。例えばピリジンを作るには、まずベンゼンから始めます。原子フラグメントのリストから芳香族性窒素原子を選択し、ベンゼンの一つの炭素原子をダブルクリックして置換します。

官能基の修飾も同様の方法で行うことができます。この章のチュートリアルでは、原子フラグメント、官能基、環を使った有機分子の構築法を説明します。また量子化学計算の設定方法や計算結果の解釈の仕方についても説明します。また、様々なグラフィックモデルについても説明します。