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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 3 - 有機分子(Organic Molecules)
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ショウノウ(Camphor)

ショウノウを用いて、一つの分子が別の分子を構築する際の出発化合物としてどのように使えるかを示します。この例では計算は行いません。

1. シクロヘキサノンのチュートリアルで作成した“cyclohexanone”を画面に表示します。FileメニューからOpenを選択し(またはTool Paletteから アイコンをクリックし)、「ファイルを開く」ダイアログに表示された“cyclohexanone”をダブルクリックします。次にFileメニューからSave Asを選択(またはTool Paletteから アイコンをクリック)し、“camphor”という名前を付けてSaveをクリッします。
2. Select Add Fragment from the Build メニューからAdd Fragmentを選択(またはTool Paletteから アイコンをクリック)し、entryモデルキットを開きます。モデルキットからsp3炭素 をクリックし、六員環上のカルボニル炭素から二つ離れたアキシアル位のフリーバレンスをクリックします。これでアキシアル2-メチルシクロヘキサノンができました。
3. BuildメニューからMake Bondを選択(またはTool Paletteから をクリック)します。今加えたsp3炭素のフリーバレンスの一つをクリックし、それとは反対側の6員環の(カルボニル基に隣接した)炭素のエクアトリアル位のフリーバレンスをクリックします。結合が表示されます。をクリックします。三つのメチル基を加えると構造ができあがります。モデルキットからsp3炭素 をクリックし、順に該当する三個のフリーバレンスをクリックします(上の図を参照)。最後に、 をクリックするとC1対称性のショウノウのエネルギー最小化構造が得られます。 をクリックします。
4. (Model メニューの)Configure...を選択します。ダイアログ中の“Atom”の下のR/SをチェックしてOKをクリックします。R/S表示が架橋された二つの炭素(両方Rもしくは両方S)に表示されます。
5. “camphor”モデルを閉じます()。