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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 3 - 有機分子(Organic Molecules)
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エチナメート(Ethinamate)

ここまでのチュートリアルで扱ったアクリロニトリル、シクロヘキサノン、ショウノウはただ一つのコンフォメーションを持っている分子です。しかしながら、より一般的には分子は単結合の回転や環の折れ曲がりにより、一つ以上のコンフォメーションを生じます。鎮静剤であるエチナメートは非定型ではないので、アルキン基またはカルバメート基のどちらが六員環上でエクアトリアル位をとるかという興味深い問題が生じます。

このチュートリアルではコンフォメーションがフレキシブルな分子を最も簡単に取り扱える方法、すなわち最も低いエネルギーを持つコンフォマー(最小エネルギー構造)を探索する方法について説明します。この後の数章では、妥当な低いエネルギーを持つコンフォマーをすべて特定するという、より難しい問題に取り組みます。ここでの演習はMMFF分子力学計算に限定します。
1. モデルキットを開きます( )。Ringsメニューからcyclohexaneを選択して画面の任意の場所をクリックします。モデルキットのsp3酸素 をクリックし、シクロヘキサンのエクアトリアルまたはアキシアル位のどちらかのフリーバレンスに加えます。Groupsをクリックし、メニューからAmideを選択します。結合させるアミド基のフリーバレンスは炭素のものであり、窒素のものではないことを確認して下さい。これはモデルキット上のアイコンに黄色のドットで表示されています。