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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 3 - 有機分子(Organic Molecules)
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3-シアノ-4-メチルシクロヘキセニルラジカル(3-Cyano-4-methylcyclohexenyl Radical)

このチュートリアルでは、異なる計算モデルをどのように組み合わせると望みの結果を最小のコストで得られるかを説明します。MMFF分子力学計算により平衡コンフォメーションを求め、半経験的AM1モデルで平衡構造を求め、そしてHF/3-21Gモデルでグラフィックスの計算を行います。

1. 3-シアノ-4-メチルシクロヘキセニルラジカルを作ります。RingメニューのCyclohexaneから始め、 をクリックし、それから二つの隣接した炭素のアキシアル位のフリーバレンスをクリックします。これらの炭素間の結合が二重結合に変わります。 をクリックします。GroupsメニューからCyano基を選択し、製作した二重結合に隣接する一つ炭素にエクアトリアル位の自由原子価を加えます。最後にモデルキットからメチル基 を選択し、環の該当する位置(上の図を参照)のエクアトリアルあるいはアキシアル位のどちらかのフリーバレンスにメチル基を付加します。
2. Build メニューからDeleteを選択し(またはTool Paletteから アイコンをクリックし)、シアノ基が結合している炭素上のアキシアル位のフリーバレンスをクリックし消去します。 をクリックしてC1対称性の構造を整えます。 をクリックします。 
3.

Calculations...(Setup メニューからCalculations...を選択します。"Calculate" の下のトップメニューからSingle Point Energyを、手法メニューからHartree-Hock3-21Gを指定します。次に"Start from"の下のメニューからMMFF Conformerを指定し、その右に現れたメニューからAM1を指定します。Hartree-FockエネルギーはAM1最適化構造に基づいたものであり、その構造はMMFFによって得た最低エネルギーのコンフォメーションに基づいています。