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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 4 - 有機分子のグループ化(Groups of Organic Molecules)
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3. ジョブを実行します。ジョブ名を"allyl vinyl ether"とします。ジョブが終了すると一連の低いエネルギーを持ったコンホマー が生成されて"allyl_vinyl_ether_conf"という新しいファイルに収納されます。このファイルは計算終了後、自動的に開かれます。混乱を避けるために “allyl vinyl ether” ( )を閉じておくとよいでしょう。Display からSpreadsheetを開きます。
それぞれのコンホマーに対応した各行すべてが一覧できるようにスプレッドシートのサイズを変えます。スプレッドシートの右下にある( )をドラッグします。スプレッドシートの下にあるAddをクリックします。Energyメニューから、kcal/molを選択し、スプレッドシート内に表示されたAdd ColumnダイアログからEをドラッグします。(もしくは、表示されたAdd ColumnダイアログからEをスプレッドシート内にドラッグします。)MMFFエネルギーのカラムは、スプレッドシートに追加されます。OKをクリックします。配座異性体の順序はエネルギー(昇順)によってきまります。カラムヘッダーの"E (kcal/mol)" をクリックしスプレッドシート下部のSortをクリックします。*(一番上にエントリーされている)最低エネルギーのコンホマーを調べてください。それはClaisen転位に適したコンホメーションになっていますか?そうでなければ、適した最低エネルギーのコンホマーを特定します。例えば、イス型配置等がそれにあたります。コンホマーの配置を手助けする方法として、GeometryメニューからAlign Moleculesを選択します。
三つあるいはそれ以上の原子をクリックし、重ね合わせの中心として指定します。それぞれの原子が赤い円でマークされます。間違えた場合は再度(二回)クリックすると円は消えます。設定が終了したらスクリーンの右下のAlignボタンを押します。
4 から 6 はオプション実験です
MMFF 分子力学計算によって得られた最低エネルギーのコンホマーと、転位のために最適に配置された最低エネルギーのコンホマーをAM1によっての最適化し、それをさらに3-21Gの一点エネルギー計算を実行してコンホメーション間のエネルギー差をより正確に見積もります。
4. "allyl vinyl ether_conf"ファイルをコピーして( )、"allyl vinyl ether lowest"とします。このコピーを使って、グローバルミニマム以外のすべてのコンホマーとClaisen転位に適した最低エネルギーのコンホマーを除くすべてのコンホマーを消去します。今度は、消去する各コンホマーを選択し、Fileメニュー**からDelete Moleculeを選択します。別の方法は、消去する分子のタイトルが含まれているスプレッドシートのセルをクリックし、EditメニューのClearを選択します。操作が終了するとプレッドシートは二つのエントリーだけになります。

   
* 降順にソートするにはoption keyを押しながらSortをクリックします。
** keyは複数の選択に使用しshift keyは範囲で選択するのに使用します。