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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 5 - 有機反応(Organic Reactions)
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5. ジョブを実行させます。ジョブが終了したら、反応座標に沿った原子の動きをアニメーション表示させます。DisplayメニューからVibrationsを選択します。
 
    Vibrationsダイアログにおけるリストの一番上の値をクリックします。それは虚数の振動数に対応しており、frequencyの右の"Type"で示されています。その振動のアニメーションは今注目している反応と一致していますか。また、この振動は他の過程の振動ではありませんか。
6. Vibrationsダイアログの下側にあるコントロールボックスで、振動の振幅(Amplitude)とアニメーションのステップ数(Steps)をともに変更することができます。Amplitudeを "0.6"に変更します。Amplitudeの右側にあるボックスに0.6と入力し、return keyキーを押して、振幅を "0.6"に変更します。次に、ダイアログの下にあるMake Listをクリックします。これは反応座標を遷移状態から反応物と生成物の両方向に向かって落として得られる構造のリストを生じます。混乱を避けるために、画面からオリジナルの分子を消しておきます。"ene reaction 1-pentene"(振動している分子)をクリックしVibrationsダイアログと一緒に閉じます。