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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 5 - 有機反応(Organic Reactions)
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6. をクリックしてビルダーを開きます。モデルキットの下にあるCustomをクリックし、画面の任意の場所をクリックします。遷移状態の構造が画面上に表示されます。遷移状態のシクロペンタジエンフラグメントのメチレン基のシンまたはアンチのどちらかの水素をフッ素で置換します。エネルギー最小化させないでください。この構造は、置換した系の遷移状態の初期構造としては良好なもののはずです。
7. File メニューからNew Molecule(Newではなく)を選択します。画面がクリアされます。Customをクリックしてから、画面上の任意の場所をクリックします。メチレン基の先ほどとは別の位置にフッ素を置換します。
New Moleculeからはじめるこの操作をさらに二回繰り返して、メチレン基のシンとアンチの位置がそれぞれメチル基で置換された二つの遷移状態を得ます。合計四つの置換した遷移状態が得られたら をクリックします。
8. Calculationsダイアログを開き、半経験的AM1モデルを用いた遷移状態の構造最適化を指定します。”Compute”の下のFrequenciesにチェックを入れておきます。最後にダイアログを閉じる前にApply Globallyに必ずチェックを入れておきます。ジョブを実行し、ジョブ名を”Diels-Alder stereochemistry”とします。計算が終了したら、DisplayメニューからVibrationsを選択し、四つの構造が遷移状態であることを確認します。
9. Calculationsダイアログを開き、Hartree-Fock/3-21Gモデルによる一点エネルギー計算を指定します。Frequenciesのチェックをはずし、ダイアログを閉じる前にApply Globallyにチェックを入れておきます。
10. ジョブを実行します。計算が終了したらDisplayメニューからスプレッドシートを開き、トータルエネルギーを入れます。Add Columnダイアログを開くために、スプレッドシートの下方にあるAddをクリックします。Energyメニューからauを選択し、Eをspreadsheetへとドラッグします。Add Columnダイアログを閉じます。計算結果は、これらの反応で観測されたシン/アンチ選択性と一致していますか。
11. 画面から全ての分子を消します。