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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 5 - 有機反応(Organic Reactions)
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  画面の右下のをクリックします。構造が遷移状態の予測構造に置き換わります。*
2. より“反応物に似るように”構造を修正しなさい。をクリックし、C-Br結合をクリックします。画面右下のボックスに3.8と入力しreturn keyを押して現在のC-Brの距離を3.8(3.8Å)に置き換えます。“反応物”に相当する“錯体”に変わります。*
エネルギーの最小化はしないでください
3. 画面の右下のをクリックします。アイコンが 表示に変わり、この距離でC-Br結合を固定したことを示しています。次に、DisplayメニューからPropertiesダイアログを選択し、Constraint Propertiesダイアログが開き,束縛マーカーをクリックします。右側の二番目のボックスの3.81.9 (1.9Å)に変更し、return keyを押します。“Steps”の右側にあるボックスに20 (20 steps)と値を変え、return keyを押します。この操作によってC-Brの結合距離を3.8Åから1.9Åまで変えて一連の20個の構造が生成するように指定しました。これらの構造は遷移状態を経由するはずです。ダイアログを閉じ、をクリックします。
4. Calculationsダイアログを開いてEnergy Profileを選択し、”Calculate”の右のメニューからSemi-EmpiricalAM1を選択します。Total ChargeAnionに変えます。E.SolvationElect. Charges ( "Compute"の下)の両方にチェックを入れて、溶媒和エネルギーと静電電荷の計算を指定します。OKをクリックします。
5. ジョブを実行します。ジョブ名を"bromide+methyl chloride"とします。一連の計算結果が"bromide+ methyl chloride_prof"に保存されます。"bromide+methyl chloride"を閉じます()。"bromide+ methyl chloride_prof"をリスト中の分子と重ね合わせます。GeometryメニューからAlign Moleculesを選択し、それから三つの水素を順に選択して画面右下のAlignボタンを押します。

   
* この構造はChapter 7で説明されるExpertモデルキットを使うことにより、もっと簡単に組みたてるることができます。