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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 6 - 生物学的に興味ある分子と高分子
(Biologically Interesting Molecules and Biopolymers)

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3. このリストでCalculationsダイアログを開きます。Hartree-Fock /3-21Gモデルを用いた一点エネルギー計算を指定します。"Start from"の右のメニューからAM1を選択します。。*これは半経験的手法による構造を用いることを意味しています 。SetupメニューからSubmitを選択します。ジョブ名を"cytosine tautomers"とします。
4. 計算が終了したら、スプレッドシートを開いて最初に作ったシトシンの構造に対応した行をクリックします。スプレッドシートの下のAddをクリックします。Add Columnダイアログ中のEnergyメニューからkcal/molを選択し、スプレッドシートへとrel. Eをドラッグします。基準の構造に対する互変異性体の相対的なエネルギーがスプレッドシートに表示されます。シトシンの基準の構造にエネルギーが近いのはどちらの互変異性体ですか。


5と6 はオプション実験です。(エッセンシャルエディションでは実行できません

互変異性体の相対エネルギーをさらに精度良く見積るために、局在化MP2 (LMP2)モデルを使った一点エネルギー計算を行います。

5. "cytosine tautomers" のコピーを作成します()。ファイル名を"cytosine tautomers_LMP2"とします。このファイルでCalculationsダイアログを開き、"Calculate"の下のメニューからSingle Point Energyを、その下の三つのメニューからMøller Plesset, MP2 および 6-31G*を選択します。"Calculate"セクションのさらに右にあるLocalizedにチェックを入れます。最後に"Start from"の右のメニューをInitialにリセットします。OKをクリックします。ジョブを実行します。
6. 計算が終了したら、互変異性体の相対エネルギーが含まれたスプレッドシートを開きます。LMP2の結果は結論と変わりますか。
7. 画面に残っている分子モデルをすべて閉じます。

   
* これを行うと計算時間を節約することができます。代わりに3-21G構造を用いたければ、"Calculate"の下のSingle Point Energyの代わりにEquilibrium Geometryを選択し、"Start from"の下のメニューからAM1の代わりにInitialを選択します。