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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 6 - 生物学的に興味ある分子と高分子
(Biologically Interesting Molecules and Biopolymers)

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9 から 13 はオプション実験です

さらに大きなポリペプチド、デカグリシンの両性イオン構造の静電ポテンシャルマップを用いると、なぜ両性イオン構造が気相では不利なのかを電荷の分離によって明確に説明することができます。

9. peptideモデルキット*を開きます 。アミノ酸コード選択ボタンの"gly"(グリシン)を七回クリックします。これで10個のグリシンが連結した鎖が作成されました。画面の任意の場所をクリックします。モデルキットの中のTerminateをクリックし、C、N末端基それぞれにCO2­NH3+を選択し、OKをクリックします。 をクリックします。
10. Calculationsダイアログを開いて、AM1の一点エネルギー計算を指定します。ダイアログの右下にあるConvergeにチェックを入れます。このように複雑な分子の半経験的計算ではしばしば収束が困難になることがあり、このオプションを用いると多くの特殊な収束技術を使用します。OKを押します。
11. Surfacesダイアログを開き、静電ポテンシャルマップの計算を設定します。Addをクリックし、Surfaceメニューからdensityを、Propertyからpotentialを選択してOKをクリックします。画面上のSurfacesダイアログを閉じます。
12. ジョブを実行します。ジョブ名を"decaglycine zwitterion"とします。静電ポテンシャルマップを計算するため、計算の実行には数分かかります。計算が終了したら再びSurfacesダイアログを開きます。"density potential . . .".と表示されている行をダブルクリックします。静電ポテンシャルマップを調べます。赤に近い色は負に荷電している(正の点電荷を引き付ける)領域に対応し、青に近い色は正に荷電している領域を表すことを思い出してください。中間色の黄色、緑は中性領域を表します。デカグリシンが両性イオン構造として存在する環境についてどう結論づけますか。
13. decaglycineを画面上から消去します。

   
* これ以降の指示はこのセクションで既にトリグリシンを構築したことを仮定しています。そうでない場合は、これらの指示を次のものに置き換えてください。Sequenceをクリックし、それから "gly"を十回クリックします。a Helixをクリックし画面上の任意の場所をクリックします。