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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 12 - Geometryメニュー(The Geometry Menu)
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この章ではGeometryメニューの機能について説明します。Geometryメニューでは(結合長、結合角および二面角などの)構造パラメーターに対する情報、点や面の定義、構造を固定するための設定、原子中心の凍結、配座解析を行う際にデフォルトで設定されているフレキシブルな結合や環の変更、およびリスト中の分子の整列などを行うことができます。

選択した分子の構造パラメーターに関する情報および構造パラメーターの設定の準備はGeometryメニューで行うことができます。このメニューではまた、点や面の定義、構造を固定するための設定、配座解析を設定した際にデフォルトで設定されている結合や環の変更、およびリスト中の分子の整列も行うことが出来ます。Geometryを選択すると次のようなメニューが表示されます。

Geometryメニューを操作するためには一つ以上の原子、結合、点、面あるいは固定マーカーを選択することが必要です。原子が選択されるとその原子には金色の小さな球が表示されます。結合を選択するとその結合によってつなげられている二つの原子上に金色の小さな球が表示されることによってその結合を確認することができます。距離を束縛すると二つの原子上に金色の球が表示され、角度を固定すると三つの原子上に金色の球が表示される。また、二面角を固定すると四つの原子上に金色の球が表示されます。点と面が選択されると赤紫色の点や面が金色に変わります。