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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 12 - Geometryメニュー(The Geometry Menu)
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Measure Distance

これを選択すると結合の有無にかかわらず二つの原子間距離を(Åオングストローム単位で)測定、表示します。Measure Distanceは(面と面の間の距離のような)組みになっているものどうしの距離も測定することができます。また、束縛している原子間距離も測定することもできます。Measure Distanceを選ぶと画面の左下にメッセージが表示されます。

この表示にしたがって二つの原子上をクリックするか、原子が結合している場合は互いに連絡している結合や束縛マーカーをクリックしてください。この操作が完了すると指定された原子上に金色の球が表示され、画面右下の“Distance”の右側のボックスに距離が表示されます。同じ環に含まれていない原子間距離は箱の中の値を変えることによって(値を変えた後にreturn keyを押す必要がある)簡単に変えることができます。また、距離は遷移状態構造の最適化や配座分布、あるいはエネルギープロファイルを行う際には固定されます。
これは画面の右下にあるのアイコンをクリックする (クリックによってアイコンはに変わります)ことで完了します。すでに束縛されたものはをクリックすると解除できます(アイコンはに戻ります)。

現在の距離とは異なる値にする場合はボックスに数字を打ち込むことによって変えることができます (値を変更したらreturn keyを押す必要があります) 。
点と平面は原子と同じように扱われます。ただし単一の平面のみが距離の測定に使用されますが、複数の点または面を含む距離を設定したり束縛することはできません。