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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 12 - Geometryメニュー(The Geometry Menu)
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Measure Dihedral

これを選択すると四個の原子がなす二面角、あるいは三本のつながった結合の二面角を(度単位で)を測定、表示することができます。二面角は最初に指定した三個の原子(または最初に指定した二本の結合)と後に指定した三個の原子(または最後に指定した二本の結合)によって生じた面どうしの角度として定義されます。Measure Dihedralは二面角を設定するためにも使用することが出来ます。また、二面角を束縛することできます。Measure Dihedralを選択すると画面の左下にメッセージが表示されます。

この表示にしたがって、適当な原子、結合、あるいは束縛マーカーを正しい順序でクリックします。操作を終了すると四つの原子が金色に色づけられ、すぐに画面の右下の「Dihedral」の右のボックスに二面角の角度が表示されます。二つ以上の原子が一つの環の中に含まれない場合には、二面角は単純にボックスの中の値を変えることで(値を変更した後return keyを押す必要があります)変更することができます。最後に、二面角は構造最適化や遷移状態最適化、あるいは立体配座異性体の分布やエネルギープロファイルを計算している間に束縛されます。これは画面の右下にあるのアイコンをクリックすることで(アイコンはに変わります)行うことが出来ます。すでに束縛されたものはをクリックすることで(アイコンはに戻ります)解除することが出来ます。現在の二面角とは異なる値にする場合はボックスに数字を打ち込むことによって変えることができます (値を変更したらreturn keyを押す必要があります) 。
点と平面は原子と同じように扱われます。ただし単一の平面のみが距離の測定に使用されますが、複数の点または面を含む距離を設定したり束縛することはできません。