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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 12 - Geometryメニュー(The Geometry Menu)
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この表示にしたがって一個以上の原子を指定します。凍結した原子にはマゼンタ色のアンカー()が表示され、もう一度その原子をクリックすると凍結が解除されます。画面の右下にあるFreezeにはすべての原子の凍結(All)と(水素以外の)重原子だけ凍結(Heavy Atoms)のメニューが、一方、Thawにはすべての原子の凍結解除(All)と重原子の凍結解除(Heavy Atoms)のメニューがあります。

Set Torsions

配座探索を行う際にはそれぞれの動きに対するデフォルトのステップサイズはもちろんのこと、フレキシブルな結合や環も自動的に設定されます。Set Torsionsはそれらのデフォルトの設定値を変えるために使います。*これを選択するとモデルの中のフレキシブルな結合には金色の柱がマークされ、フレキシブルな環は一つ以上の原子の周りに金色の球が表示されます。そして画面の左下に次のようなメッセージが表示されます。

環に含まれている結合又は原子をクリックすると回転を選択します。環の場合「回転」は環が“縮んだりもとに戻ったり”(制限された回転)することを意味します。デフォルトの回転は画面の右下の「Fold」の右側のボックスの中に表示されます。これは単結合では2か3(ステップサイズはそれぞれ180°と120°)フレキシブルな環では3となっています。他の整数の値をボックスの中に入れた後にreturn keyをてください。画面の右下のDefaultsをクリックするとオリジナル(デフォルト)の設定に戻ります。
選択した結合や環の原子はその上でダブルクリックすることで選択を解除できます。選択していない(あるいはすでに選択をはずした)結合又は環の原子の上でダブルクリックするとデフォルトの回転の設定値を選択することになります。


   
* 配座探索に関係する他のパラメーターはCalculationsダイアログ(Chapter14Setupメニュー下のCalculations...を見よ)のOptionsボックスを使うことで初期の値から変更することができます。Appendix Cは構造解析オプションのためのコマンドが一覧表となっています。
** 飽和の六員環は二種類の「いす型構造」だけを検査される特別なケースとして処理されます。この場合、二個の環原子(互いに反対側にある)が選ばれる(囲まれる)ことによって示されます。他の配座を検査するためには、すでに指定されてある二個の原子に加えて一個以上環原子のダブルクリックが必要となります。