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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 12 - Geometryメニュー(The Geometry Menu)
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Align Molecules

これを選択すると二個以上の選択された原子を同じ配置にすることで、リストの中の分子を整列させることができます。分子は一列に並べることは原子ラベルに基づいて整列します。これらは配座探索によって発生した分子あるいはエネルギープロファイルから得られる分子に対しては一致しますが、ユーザーが設定したリストに対しては一致しません。そのような時は、それぞれの分子のラベルをAtom Propertiesダイアログ(Chapter 15を見よ)を用いて変更する必要があります。
これを選択すると画面の左下に次のようなメッセージが表示されます。

原子はクリックすることで選択できます。さらに選択した原子をニ回目に選択する時は一列に並べる手順はラベルを無視するよう指示します。すなわち、単純に、選択した位置にどの原子でもいることを指示することになります。三回目のクリックは原子の選択の解除を意味します。選んだ原子配置がラベルを考慮する場合は一重の赤い円が表示され、ラベルが無視されるならば二つの赤い同心円が表示されます。整列を意味あるものにするためには少なくとも三個の(共に直線でない)原子を選択することが必要であり、十個以内の原子を選択することが推奨されます。原子を選んだ次に、画面の右下のAlignボタンをクリックすると分子は整列します。一度選択すると整列の情報は失われないことに注意してください。再度整列させたい場合はもう一度Align Moleculesを選択しAlignをクリックすることで「再整列」させることができます。