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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 13 - Buildメニュー(The Build Menu)
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ペプチドモデルキットの中ほどにはアミノ酸のリストがあります。

コードのすぐ上のボックスには選択されたアミノ酸のアイコンを表示します。また、アミノ酸の名前と3文字のコードも表示されます。アミノ酸は、ペプチドモデルキット上での基本構造ブロックとして“原子”、官能基、環などと置き換わります。アミノ酸配列と全体のコンホメーションの修正を除くペプチドの修正のほとんどはエントリー又はエキスパートモデルキットを使って行う必要があることに注意しましょう。
2つの異なった操作方法、すなわち単独アミノ酸モード、ポリペプチドモードがあります。前者は単独のアミノ酸で作成を始める、存在している構造に並べて単独のアミノ酸を加える、又は存在している構造へ単独のアミノ酸を加えるために利用します。一方後者は、アミノ酸配列(ポリペプチド)を作成するために利用されます。2つのモード間の切り替えは、Build Sequenceチェックボックスで行います。“Off”(チェックなし)は単独アミノ酸モードに対応し、“On”(チェックあり)はポリペプチドモードに対応します。
ペプチドの作成は3つのステップで行われます:

(i)

アミノ酸配列の指定。これはアミノ酸コード上を順序よくクリックすることでおこなわれます。ペプチドの“N”端から“C”端へつなげていきます。それぞれの選択に答えて、アミノ酸の名前と構造がコードの上のボックスに現れ、Build Sequenceの下のボックス中に“‐”で分けられた紐の一部として文字コードが現れます。アミノ酸の立体化学的配置はデフォルトではl配置です;これはアミノ酸選択の前に、モデルキット中の“stereoisomer”の右のdをチェックすることでd配置に変えることができます。(lをチェックすることで元に戻すことができます。)dアミノ酸は、ボックス中ではコードの後に続いて“.d”と示されます。配列はBuild Sequenceの下のボックス中の文字を変更することでいつでも変えることができます。存在しているアミノ酸コードは削除したり、変更したり、あるいは新しいコードを加えることができます。もしそうしたいのであれば、全体の配列はこの方法で指定することができます。存在しないコードを指定するとエラーメッセージが出ます。配列はボックス右のでクリアすることができます。