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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 13 - Buildメニュー(The Build Menu)
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(ii)

巨視的構造の指定。一度配列決定が完了したら、巨視的性質はAlpha HelixBeta SheetOtherの内の一つをクリックすることで指定されます。Alpha HelixBeta Sheetに対しては予め指定された角度が利用できます。Otherの指定にはΨおよびΦの右にあるボックス中に含まれる角度が必要になります。
 

二面角ΦとΨは次の図表に従って1組のアミノ酸それぞれから定義されます

特定のΦとΨの組み合わせがヘリックスやβシートに対応する安定な配列をもたらします。エネルギー対Φ、Ψのプロットは、Ramachandranプロットとして知られています。

ペプチド(又はアミノ酸)はスクリーン上のどこかをクリックすることで作成を開始したり、option keyを押したままスクリーン上のどこかをクリックしてすでに画面上にある分子の横に加えたり、あるいはフリーバレンスをクリックして画面にある構造につなげるために使うことができます。


フリーバレンスが"unterminated"ペプチドフラグメントに対応しなければ、N末端がアミド結合を作る必要がある場合、“N端”からフラグメントがつながります。