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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 14 - Setupメニュー(The Setup Menu)
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  Frozen Atomsがチェックされると以前に“凍結”したすべての原子座標を、平衡構造の計算、遷移状態構造の最適化、配座探索、およびエネルギープロファイル計算中に移動しないことを示しています。これは一点エネルギー計算のときには使うことは出来ません。凍結原子に関する情報に関してはChapter 12を参照してください。Frozen Atomsは以前に設定された場合のみ利用可能です(凍結が指定された原子は強調されています)。デフォルトではFrozen Atomsは未チェックのままです。
Symmetryをチェックすると対称性を持つ分子における計算を簡略化することを示しています。デフォルトではSymmetryはチェックされます。
(iv)

Compute

Computeではいくつかの一般的な原子や分子の性質を計算するための設定をおこなうことができます。より詳細な計算についてはOptionsボックスで設定することが出来ます(以下の説明を参照)。
E. SolvationをチェックするとCramer、TruhlarらのSM5.4法を利用しての水和エネルギーを見積もることができます(C. C. Chambers, G. D. Hawkins, C.J.Cramer and D. G. Truhlar, J.Phy.Chem., 100, 16385 (1996))。これは「気相」の全エネルギーに加えられ、出力に表示されます。さらに、この和はDisplayメニュー(Chapter 15参照)の下のMolecule Propertiesダイアログから利用することができ、スプレッドシート(Chapter 15参照)で使うことが出来ます。デフォルトではE. Solvationは未チェックです。
LogPをチェックするとGhose, PritichettおよびCrippen (J. Computational Chem., 9, 80 (1988))の方法とVillar (J. Computational Chem., 6, 681 (1991); Int. J. Quantum Chem., 44, 203 (1992)) の方法の両方に従ってLogPの値を求め、テキスト出力にこれを書きだします。Ghose-CrippenとVillarのLog P値はスプレッドシートで使用することが出来ます。(Chapter 15参照)。デフォルトではLogPは未チェックです。