Spartan
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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Chapter 16 - Searchメニュー(The Search Menu)
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この章ではSearchメニューの機能について説明します。ここでは拡張されたデータベース中の遷移状態との類似点にもとづいて“新しい”反応に対する遷移状態を推測するための機能や、互変異性体を生成するのための方法について説明します。

Searchメニューは遷移状態構造を推定したり互変異性体を生成するための機能を持っています。

Transition States ( )

Spartan'02にはデータベース中のデータと一つ以上関連のある反応の類似点をもとに遷移状態構造を推定する機能があります。常に「正確な一致」の可能性がありますが、そのような場合にはその推定が「正確な遷移状態」となります。*一般的に、一致はあまり見られないため、Spartanはデータベースを用いて出来る限り一致に近づけようとします。これには概してより少なく置換された系、または置換基が異なる系が含まれます。Spartanはデータベース中の共通する遷移状態構造の部分を使い、残りの部分は分子力学を用いて構成します。配座探索を行わないため、必要な反応の立体化学の出力を反映するためには反応物が正しく配向されていることが不可欠です。その点に関しては、反応が分子性における変化(すなわちA+B→C)を伴うときは、立体化学が定義された「単分子側」(生成物)から始めることでより簡単に出来ます。


   
* より正確には、この場合に与えられた遷移状態はデータベース内の特殊な理論モデルに対しての一致です。たとえより高度なモデルからの遷移状態で徐々に補われていても、現時点ではデータベースの大部分はとても単純な量子化学モデルから得られています。