Spartan
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Acknowledgements
Scope of this Guide
Table of Contents
SECTION I
  Chapter 1
SECTION II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
SECTION III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
APPENDIX A
APPENDIX B
APPENDIX C
APPENDIX D
APPENDIX E
Index
Section II - はじめに(Getting Started)
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本書ではまずMacintosh版Spartan'02のグラフィカルユーザインタフェースを簡単に紹介し、一連の簡単なチュートリアルを行います。チュートリアルの目的は“実習”することであり、実際に分子力学計算や量子化学計算の設定を行い実行します。そして得られた計算結果を解釈します。“新しいSpartanユーザー”の方にとってはここがスタート地点になります。すでにSpartanをお使いの方も本書を読むことをお勧めします。

Spartan'02プログラムで利用できるオプション全てについて解説することはしません。このため、読者はこのガイドのSectionIIIを読むことをお勧めします。チュートリアルではSpartan'02を用いて平衡構造と遷移状態の構造を計算すること、コンフォメーションサーチを行うこと、そして反応の熱力学諸量や活性化エネルギーを算出することに重点的に取り組みます。様々な分子力学的手法や量子化学的手法の性能評価もしません。実際、チュートリアルの大部分は、分子力学計算や半経験的分子軌道法、そしてHartree-Fock分子軌道法だけを使います。*

Spartan'02で実行できるすべての計算的手法についての完全な評価は、Spartan'02プログラムに同梱されているガイドブック"A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations"に記載されています。

いくつかのチュートリアルではグラフィック表示されたモデルを用いて、静電ポテンシャルマップと求電子的性質との相関といった計算値と実測値の相関が検討されます。Macintosh版Spartan'02では、生体高分子の構造のモデル表示や操作性が以前のバージョンよりもさらに機能強化されています。チュートリアルではこれらも取り扱います。


   
* This is deliberate, in that it "minimizes" the time required to complete the tutorials and allows nearly all tutorials to be completed using only the Essential Edition of Spartan'02 (which lacks density functional, MP2 and other correlated calculations). Sections of tutorials which cannot be completed with the Essential Edition are indicated as such.