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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I

Appendix C - 通常用いるプログラムオプション
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この付録では,一般に用いる多くのプログラムオプションについて説明します.これらのオプションは(Setupメニューの)CalculationsダイアログにあるOptionsボックスへのキーワード入力によって指定します.キーワードは大文字・小文字の区別はしません.等号("=")をキーワードの後に用いて整数,実数,文字列の値を与えます.キーワードは単一の言葉か表現のいずれかです.キーワード=Nは整数の関数,キーワード=Cは独自の関数,そしてキーワード=Fは変動するポイント関数を示しています.実数は10の指数を表す"e"を含めた浮動小数点で記すこともできます.下記の表では,キーワードのデフォルト値はボールド体で示してあり,代わりに選択できる値は斜体で示してあります.

Conformational Search

配座探索に用いられるキーワードを示します.

キーワード
説明
SearchMethod
C
配座検索の手法を選択します:初期設定では系の複雑さによって次のいずれかの手法を選択しますが,それを無効にして以下のうちから指定した手法で実行します
    Systematic 系統的な手法を用います
 
MonteCarlo Monte-Carlo 法を用います
     
MaxConfs
N
Monte-Carlo サーチ(のみ)に体する配座の最大値をNに設定します.プログラムは全母集団をあらわす最も多様なコンホマーの集合を選ぼうとします.初期設定値は100です
 
 
Window
F
保存しておくコンホマーの最大エネルギーを最低エネルギー+ F (kcal/mol単位)に設定します.ここでの最低エネルギーは配座検索で得たコンホマーのうちで最も低いエネルギーです.初期設定は10 kcal/molです.