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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 11 - The Geometry メニュー
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原子凍結は,ケンブリッジ構造データベース(Chapter 15SearchメニューのDatabases参照)の検索結果においても重要な役割を果たします.水素の位置はX線構造においてしっかりと決まっておらず,X­H結合の長さは一般的に本来の距離より0.1‐0.2Åほど短くなっています.そのような結合の長さを組み込んでいる構造は明らかにエネルギーやプロパティー計算において不利であり,量子化学計算における開始構造としては疑わしくなります.解決策の一つは(水素以外の)重原子だけ凍結させること(Freeze Heavy),そしてそれと同時に,BuildメニューのMinimizeChapter 12の解説を参照),あるいはSetupメニュー (Chapter 13の解説を参照)の Calculationsダイアログから用いる分子力学最適化を実行することです.
 

凍結した原子はマゼンタ色のマーク ()で表示されます.それらが("Freeze Center"がかかっている)モデルに含まれているかどうかにかかわらず,個々の分子はDisplayメニューの中のMolecule Utilitiesダイアログで操作します(Chapter 14を参照).全体的な設定はOptionsメニュー内のPreferences...におけるMolecule Preferencesダイアログから操作します(Chapter 16を参照).

Set Torsions ()

Spartan'04は構造検索や初期設定のステップサイズを指定するために,結合や環を自動的に設定します.Set Torsionsはそれらの初期設定値を変えるために使います.これを選択するとモデルの中のフレキシブルな結合は金色の柱でマークされ,フレキシブルな環は一つ以上の原子の周りに金色の円が表示されます.そして画面左下に次のようなメッセージが表示されます.