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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 11 - The Geometry メニュー
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環に含まれている結合又は原子をクリックすると回転する場所を選択することができます.環の場合「回転」は環が"縮んだりもとに戻ったり"(制限された回転)することを意味します.初期設定の回転は画面右下のFoldの右側のボックス中に表示されます.これは単結合では2か3(ステップサイズはそれぞれ180°と120°),フレキシブルな環では3となっています."1"という値は結合(環)が回転しないことを示しています(360°の回転).他の整数値をボックスの中に入力した後にEnterキーを押してください.画面右下のDefaultsをクリックするとオリジナル(デフォルト)の設定に戻ります.

 
六員については特例としてイス型コンホマーを2個試すようになっています.この時の表示は環を構成する向かいあった2つの原子を赤い丸で囲むマークがされる事で示しています.
それ以外のコンホマーについてはそれ以外の原子をマークする事で検討する事ができます.
 

画面右下にあるボタンは可能な単結合のコンホマーを通じて"段階的に表示"するために利用できます.どのようなコンホマーでも開始構造の代わりに選択することができます.一方,コンホマーのフルセットは(ステップキーの右側)をクリックし,ダイアログ内のOKをクリックすることによって作られます.複製のコンホマーは削除されないことに注意してください.

Set Torsionsは初期値以下に維持する必要のある非結合原子間距離を指定するのにも用いられます.それらはNOE(原子核オーバーハウザー効果)測定に起因し,NOEの状態,もしくは単にNOEに適用されます.NOEを指定するには,Shiftキーを押しながら二つの(非結合)原子をクリックします.それに応じて画面下にメッセージが現れます.

をクリックするとに変わり,ボックス内にNOEの初期設定値を入力します.この値は変更することができます.初期値以下に維持された原子間には線が引かれます.