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Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 12 - Buildメニュー
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ペプチドモデルキットの中程には,アミノ酸が書かれたアイコンがあります(一般的な三文字のコードで記されています).

アミノ酸は,三文字のコードをクリックすると選択され,アミノ酸のアイコンがモデルキットの上部のボックスに表示されるとともにアミノ酸の三文字のコードがボックス内に順番に追加されます.ペプチドモデルキット中で,アミノ酸は基本構造ブロックとして"原子",官能基,環,配位子と置換されます.これら以外の構造ブロックはないので,全体のコンホメーションの修正を除くペプチドの修正はエントリーモデルキット,エキスパートモデルキットを用いて行う必要があります.

二つの異なる操作法,すなわち単独アミノ酸モードとポリペプチドモードがあります.前者は,単独のアミノ酸は,分子の作成を開始したり,存在している構造の他に追加したり,存在している構造に追加するのに使用されます.一方後者は,アミノ酸配列(ポリペプチド)を作成するために利用されます.Sequence"オフ"(チェックなし)は単独アミノ酸モードに対応し,"オン"(チェックあり)はポリペプチドモードに対応します.

ペプチドの作成(Sequence"オン")は,三つのステップで行われます.

   
(i)
アミノ酸配列の指定.これは,アミノ酸コードを順序よくクリックすることで行われます.ペプチドの"N"端から"C"端へとつなげていきます.それぞれの選択に対応して,アミノ酸の三文字のコードがモデルキット上部のボックス中のアミノ酸配列コードに追加されます.アミノ酸の立体配置は,初期設定ではl配置です.これはアミノ酸選択の前に,モデルキット中の"立体異性体"右のdをチェックするとd配置に変更できます(lをチェックすると,元に戻ります).dアミノ酸は,ボックスの中でコードの後に続いて"d"と表示されます.