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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 12 - Buildメニュー
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Minimize ()

作成した分子の構造は,MMFF力場に基づく分子力学計算により最適化されます.選択すると,スクリーン左下に次のメッセージが出ます.*

通常知られているように,画面右下に表示されているひずみエネルギーは,構造最適化の過程で繰り返し更新されます.構造最適化は,画面右下のアイコンをクリックするといつでも終了できます.

構造の束縛(Chapter 11Constrain DihedralConstrain DistanceConstrain Angle参照)は,構造最適化の間に行われます.また,固定された原子(Chapter 11Freeze Center参照)はどれも"固定された"ままです.NOEは考慮されません.

すでにスクリーンにモデルキットがある場合は,Minimizeが完了したらAdd Fragmentに戻ります.スクリーンにモデルキットがない場合は,Minimizeが完了してもAdd Fragmentに戻りません.

   
*
"Buildモード"の外で,構造最適化をしたら構造が壊れるような選択をした場合,警告のメッセージが出ます.