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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 13 - The Setup メニュー
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(iv) Compute
   
 
Computeでの入力は多くの"重要な"スペクトル量の計算だけでなく,分子動力学モデル*を使った溶媒効果を設定します.双極子モーメントのような他の量と,"計算コストのかからない"LogP**は自動的に計算されます.一方,他の計算はOptionsボックスから設定することができます.
   
  Solvent (バージョン1.01では実行できません)
   
 
分子力学計算の初期段階において,これはnone(気相計算)かまたは,そのシステムが浸される溶媒の名前のどちらかを指定するメニューにアクセスできます.
   
 
 
溶媒がエネルギーとプロパティーに与える影響を推定するためにSpartan'04によって用いられる力学/量子力学の混合した分子動力学手順は下記のステップから構成されています.
 
1.
室温で通常比重(溶媒の)を保つような選択された溶媒のボックスにおいてその系(Substrate)を"浸し"ます.そのボックスは一般的に約200~300の溶媒分子を含んでいます.
 
   
*
気相計算において水の溶媒和エネルギーはCramer,Truhlarとその共同研究者の開発したSM5.4によって概算されます(C.C. Chambers, G.D. Hawkins, C.J. Cramer and D.G. Truhlar, J. Phys. Chem., 100, 16385 (1996)).これは気相の全エネルギーを加えてアウトプットに書き込まれます.この合計はスプレッドシート上でも利用することができます(Chapter 14を参照).
**
LogPはGhose,PritchettとCrippenの方法(J. Computational Chem., 9, 80 (1988))とVillarの方法(J. Computational Chem., 6, 681 (1991); Int. J. Quantum Chem., 44, 203 (1992))で概算され,アウトプットに書き込まれます.Ghose-CrippenとVillar LogPの値はスプレッドシートに移すこともできます.(Chapter14を参照)