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Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 13 - The Setup メニュー
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2.
"気相"の基質電荷,極性モーメントなどを使って"予備の"分子機能シミュレーションを実行します.ステップ4で実行される"完全な"シミュレーションと同様に,このシミュレーションは基質と溶液の両方が精密であり,分子間構造変数だけが検索される仮定します.二つ以上のコンホマーを伴う溶媒は異なったコンホマーの(ボルツマン分布によって重みがかかった)集団として扱われます.
   
3.
溶媒電荷と平均20~50の分子動力学的配置を含む静電相互作用をもとに(基質の)一電子Hamiltonianに加えられた溶媒項を計算します.この追加項を使って一致した基質の量子化学計算を実行し,原子電荷の新しい組み合わせや,新しい双極子モーメントなどを得ます.
   
4. 新しい電荷の組み合わせを使って"十分な"シミュレーションを実行します.
   
5.
ステップ3と同様に,一電子Hamiltonianへ加えられた溶媒項を計算し,この項を使って基質の量子化学計算を実行します.
 
   
 
この結果,溶媒に浸された基質に相当する波動関数が得られます.同様に全エネルギー*,分子のプロパティーグラフィック面も得られます.これらは分子アーカイブ中の,相当する起草中の量に取って替わり,(ダイアログ,スプレッドシートからの)これらのアーカイブに関連する全ての量が"溶媒和した"系を参照します.

溶媒計算は現在のところ水だけに制限されており,波動関数を作り出す全ての計算方法に適用可能です.特に分子動力学計算は除かれます.
   
*
全エネルギーは直接的に溶質‐溶媒相互作用を説明するvan der Waals項も含んでいます.これは典型的な分子動力学配置の平均に基づいています.