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Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I

Chapter 15 - Search メニュー
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Spartan Molecular Database (SMD)

Spartan Molecular Database (SMD)は50,000以上の分子の構造,エネルギー,選択されたプロパティーを収録しており,それらは五つ以上の異なる理論モデル(3-21Gと6-31G*基底のHartree-Fockモデル,EDF1/6-31G*とB3LYP/6-31G*の密度関数モデル,MP2/6-31G*モデル)から得られています.三次元的結合性を理論モデルとつなぎ合わせた一次元的(SMILESの様な)キャラクターとしてコード化することで項目を特定しています.構造異性体,例えばcis-trans異性体はジアステレオマーとして区別されますが,エナンチオマーは区別されません.

 
SMDは自由に変更でき,追加分子や理論モデルを追加した既存分子を組み込んだデータベースを平行して構築できます(Appendix H参照).この先のSMDの拡張は遷移金属無機,有機金属化合物,遷移状態を含むでしょう.
 

多くの項目が単一の"最低エネルギー"配座異性体(下のテキストボックス参照)の点から与えられますが,二つ以上の配座異性体を与えるものもあります.その場合,利用できる配座異性体はすべて表示され,ユーザーはそこから選ぶ必要があります.

 
SMD中で供給される個々の項目は次の"手順"に沿って得られたものです.
   
1.
分子力学やMMFF(Merck)を使って最低エネルギー配座を決める.わずかに配座的自由度がある系は全体で最小になると"保障される"配置を系統的に探し,より複雑な系にはMonte-Carlo検索が適用されます.後者は全体で最小になる配置を保障しません