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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
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Chapter 15 - Search メニュー
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Transition States ()

Spartan'04にはデータベース中のデータと一つ以上関連のある反応の類似点をもとに遷移状態構造を推定する機能があります.正確な一致の可能性がありますが,そのような場合にはその推定が「正確な遷移状態」となります.* 一般的に,一致はあまり見られないため,Spartanはデータベースを用いて出来る限り一致に近づけようとします.これには概してより少なく置換された系,または置換基が異なる系が含まれます.Spartanはデータベース中の共通する遷移状態構造の部分を使い,残りの部分は分子力学を用いて構成します.配座探索を行わないため,必要な反応の立体化学の出力を反映するためには反応物が正しく配向されていることが不可欠です.その点に関しては,反応が分子性における変化(すなわちA+B→C)を伴うときは,立体化学が定義された「単分子側」(生成物)から始めることでより簡単に出来ます.

反応がデーターベースの中からは全く採用できなかった場合には反応系と生成系の各原子位置の幾何平均を採用するものとします.

Spartan'04の遷移状態推定処理の入力法は(有機)化学者にとても良く知られている"矢印を描く"方式にもとづいています.反応は曲がった矢印を使って示され,各矢印が電子対の移動を表しています.電子の流れの方向は通例の習慣に従います.

   
*
より正確には,この場合に与えられた遷移状態はデータベース内の特殊な理論モデルに対しての一致です.たとえより高度なモデルからの遷移状態で徐々に補われていても,現時点ではデータベースの大部分はとても単純な量子化学モデル(半経験的,Hartree-Fock)から得られています.