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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I

Chapter 15 - Search メニュー
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(i) Retrieve to:
   
 
選択したものをNew DocumentCurrent Documentのどちらかにとどめます.前者ではファイルネームが求められ,後者では現段階での分子リストの端に追加されます.
   
(ii) Delete Extraneous Fragments
   
 
クリックすると官能基の基本構造を含まない「分離された分子」全てを消します.ごく一般にそれらは捕らえられた溶媒分子あるいは対イオンです.
   
(iii) Repair Bonds
   
 
クリックすると明らかにおかしい結合をCSD中の実際の構造や通常の原子価則に基づいて"修正"します.
   
(iv) Grow Hydrogens
   
 
クリックすると水素が欠けている(あるいは表示させないでいる)ところ全てに水素原子を"はやし"ます.これは実際の3D構造と通常の原子価則に基づきます.Molecule UtilitiesダイアログのGrow Hydrogensで利用できる機能と同じです(Chapter 14を参照).
   
(v) Freeze Heavy Atoms
   
 
クリックすると水素原子以外の全ての原子を"凍結"します.これにより一般に非常に短い実際のX線解析による水素原子の位置を,重原子骨格を維持したまま分子力学や量子化学的手法で精密化できます.*
   
*
水素原子の位置はBuildメニューのMinimize(ボタン)を押すことで使えるMMFF分子力学モデルで最適化されます.量子化学モデルを使った最適化するにはFrozen Atomsをかけ,(Setupメニューから)Calculationsダイアログで設定してください.Chapter 13参照.