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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I

Chapter 1 - Windows版Spartan'04(Spartan'04 for Windows)
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このインターフェースには有機・有機金属的反応のデータベースから遷移状態を推測する手順だけでなく,有機・無機・有機金属分子やポリペプチド,ポリヌクレオチドのビルダーも含まれています.また,有機・有機金属分子の実際のX線結晶構造を270,000以上収録しているCambridge Structural Databaseはもちろん,異なる五つの理論モデルから得られた有機分子や主な無機分子の計算構造を50,000以上集めたSpartan Molecular Databaseも含まれています*.その結果,SpartanはPDB(たんぱく質構造)とSDF(構造描写)において最も重要な"外部"データを取り込むことができます.こうして,分子を「最初から」構築するだけでなく,様々な既存構造から導くことが可能になりました.

Spartanのインターフェースはまた,分子力学モデル,半経験的なHartree-Fock分子軌道モデル,および密度汎関数法を含む,相関モデルと呼ばれる最新の計算方法の全領域に通じています.これらのモデルは全てのアプリケーションに対して「理想的なもの」ではありません**.最も洗練されている量子化学モデルは優れた結果が得られる反面,ルーチン的な応用に対しては時間がかかりすぎることから,より時間がかからない計算方法との併用が必要となります.Spartanのインターフェースは異なる二種類のモデルである分子力学と量子化学を"調和させること"を円滑に行うことができます.それによってあるモデルで得られた結果をより優れた別のモデルを使って容易に高度な計算を行うことができます.

   
*
Cambridge Structural Database自体はSpartan'04に含まれませんがCambridge Crystallographic Data Centreまたはその配給者から予約方式でご利用ください.参考までにWavefunctionまでご連絡ください.
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Spartan'04で利用できる分子力学や量子化学モデルの詳細な論議・評価はこちらの文献にて:W. J. Hehre, A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations, Wavefunction, Irvine, (2003)
これらの文献もまたご覧ください:W. J. Hehre, L. Radom, P. v. R. Schleyer, J. A. Pople, Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley, New York, (1986); J. Kong, C.A. White, A.I. Krylov, C.D. Sherrill, R.D. Adamson, T.R. Furlani, M.S. Lee, A.M. Lee, S.R. Gwaltney, T.R. Adams, C. Ochsenfeld, A.T.B. Gilbert, G.S. Kedziora, V.A. Rassolov, D.R. Maurice, N. Nair, Y. Shao, N.A. Besley, P.E. Maslen, J.P. Dombroski, H. Daschel, W. Zhang, P.P. Korambath, J. Baker, E.F.C. Byrd, T. Van Voorhis, M. Oumi, S. Hirata, C.-P. Hsu, N. Ishikawa, J. Florian, A. Warshel, B.G. Johnson, P.M.W. Gill, M. Head-Gordon and J.A. Pople, J. Computational Chem.,21,1532, (2000).