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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I

Chapter 1 - Windows版Spartan'04(Spartan'04 for Windows)
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Spartan'04の最も単純な計算方式はSYBYLやMMFF94力場を使った分子力学モデルです.このモデルは数千個以上の原子を含む分子の平衡形態や構造の決定に適用できます.分子力学モデルは現在,たんぱく質などの生体ポリマーに適用できる唯一の計算方式です.最も安定な配座異性体の認定と"合理的な"低エネルギー配座異性体候補の同定の両方を担うとても大きな分子の計算や小さい分子の配座異性の解析は分子力学の最も重要な役割と言えるでしょう.

量子化学モデルは反応エネルギー(熱力学)や活性化エネルギー(速度論)を得るためにはもちろん,遷移状態構造を説明するために用いられます.最も単純な量子化学的手法である半経験的分子軌道モデルは1~200個の原子の系にルーチン的に使用できます.(周期表の2列目およびより重い典型元素に対して拡張したd軌道を使う)MNDOモデル,AM1モデル,およびほとんどの遷移金属に対するパラメータを使うPM3モデルがSpartan'04でサポートされています.

Hartree-Fock分子軌道モデルは依然として量子化学的手法の柱であり,特に平衡状態や遷移状態での構造決定,熱化学的な比較に対して重要です.Spartan'04で利用できるHartree-Fockモデルは50~100個の原子からなる分子,すなわち典型的な「実際の」有機分子にルーチン的に使用できます.