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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I

Chapter 3 - 有機分子
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エチナメート

アクリロニトリル,シクロヘキサノン,ショウノウはただ一つのコンホメーションを持っている分子の例です.より一般的には分子は単結合の回転や環の折れ曲がりにより,一つ以上のコンホメーションを生じます.鎮静剤であるエチナメートは非定型ではないので,アルキン基またはカルバメート基のどちらが六員環上でエクアトリアル位をとるかという興味深い問題が生じます.

このチュートリアルではコンホメーションがフレキシブルな分子を最も簡単に取り扱える方法,すなわち最も低いエネルギーを持つコンホマー(最小エネルギー構造)を探索する方法について説明します.この後の数章では,妥当な低いエネルギーを持つコンホマーをすべて特定するという,より難しい問題に取り組みます.ここでの演習はMMFF分子力学計算に限定します.

   
1.
エントリーモデルキットを開きます().Ringsをクリックして,メニューからcyclohexaneを選択して画面の任意の場所をクリックします.モデルキットのsp3酸素()をクリックし,シクロヘキサンのエクアトリアルまたはアキシアル位のどちらかのフリーバレンスに加えます.Groupsをクリックし,メニューからAmideを選択します.結合させるアミド基のフリーバレンスは炭素のものであり,窒素のものではないことを確認して下さい.これはモデルキット上のアイコンに黄色の"ドット"で表示されています.
   
 
   
 
アイコンを繰り返しクリックすることで,結合位置を変更することができます.変更できたら,酸素原子にアミド基を付加させてカルバメート基を作成します.最後に,GroupsメニューからAlkyneを選択し,カルバメート基が結合しているシクロヘキサン環上の炭素に加えます(残っているアキシアルまたはエクアトリアル位のフリーバレンスを用います).をクリックし,それからをクリックしモデルキットを閉じます.