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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I

Chapter 3 - 有機分子
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2.
Calculationsダイアログを開きます(Setupメニュー)."Calculate"の右にあるトップメニューからEquilibrium Conformerを選択し,下にある二つのメニューからMolecular MechanicsMMFFを選択します.Spartan'04は可能なコンホメーション全てを探索しますが,*(MMFFモデルによる)最安定なコンホマーだけが選択されます.ダイアログ下のSubmitをクリックしてください.分子に"ethinamate_MMFF"と名前を付けます.
   
3.
計算が終了したら,画面上の初期コンホマーが最安定なコンホマーに置き代わります(初期構造が計算された平衡構造に置き代わります).アルキン基またはカルボネート基のどちらがエクアトリアル位にありますか?
   
4. "ethinamate"の名前が画面の下に現れることに注意してください.これはこの分子が既に分子構造と性質のデータベースであるスパルタン分子データベース(SMD)で利用可能であることを示しています.名前のすぐ左にあるをクリックします.これによりSMD Previewダイアログが開きます.
   
 
   
  右にあるリストには利用可能なEthinamateの理論モデルがあり,選択されたSMDエントリーのボールアンドスポークンモデルが左に現れます.これはマウスを用いて操作することができます.データベース中のEthinamateのコンホメーションはあなたが見つけたコンホメーションはと同じですか?
   
5.
開いているダイアログと"ethinamate"を閉じます.
   
*
この系は小さいため,可能なコンホマーを系統的に調べることができます.これは大きな配座の自由度数を持つ分子に対しては適応できません.そのときはMonte-Carlo法を使用する必要があります.