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Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 4 - 有機分子のグループ化
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ジメチルペルオキシドの分子内回転

量子化学計算,特にHartree-Fock分子軌道計算や密度汎関数法計算は分子力学計算や分子動力学計算に用いられる経験的ポテンシャル関数のパラメータを求めるデータを得るのに用いられることがあります.最も重要なのはねじれに関するデータであり,これらは実験的に得ることは最も困難です.ここで経験的ポテンシャル関数は元素に固有である必要があります.例えば,ジメチルペルオキシドのような分子中の酸素-酸素結合の回転エネルギーは次のような関数(有限のフーリエ級数)で記述することができます.

ここでweqは理想的な二面角,ktorsion1,ktorsion2,ktorsion3はパラメータです.第一項(一次項)はシンとアンチのコンホマー間のエネルギー差に関する項であり,第二項(二次項)は二つの結合が平面になったときと垂直になったときのエネルギー差に関する項,第三項(三次項)は重なり型とねじれ型コンホマーのエネルギー差に関する項です. このチュートリアルでは,ジメチルペルオキシドの分子内回転ポテンシャルエネルギー関数を6-31G Hartree-Fock計算(そしてオプションでB3LYP/6-31G密度汎関数計算)を用いて作成し,このポテンシャルをフーリエ級数へ適合させます.

   
1.
エントリーモデルキットを用いて,ジメチルペルオキシドを組み立てます.もし分子がアンチ構造をとってなければ,をクリックし,COOCの二面角を180(180°)に設定します.最適化しないでください.