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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 4 - 有機分子のグループ化
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1.
順番に,トリクロロ酢酸,ジクロロ酢酸,クロロ酢酸,ギ酸,安息香酸,酢酸,ピバル酸を組み立てます.全てを同じリスト内におきます(最初の分子を組み立てたら続いてFileメニューからNew Moleculeを選択します).終わったらをクリックします.
   
2.
組み立てた全ての分子はスパルタン分子データベースを利用できます.画面の一番下にある現在選択している分子の名前の左にあるをクリックします.すると左側に選択している分子の構造を,右側に計算の結果による理論上の構造をあらわすSMD Previewダイアログが現れます."3-21G"の左にある黄色い四角をチェックしダイアログの一番下にあるReplace Allをクリックします.あなたが組み立てたものがHartree-Fock 3-21G計算によって獲得された構造へと置き換わります.静電ポテンシャルマップを表示するために,それぞれの分子について波動関数を計算する必要があります.
   
3.
Setupメニューの)Calculationsダイアログに移ります.一点エネルギー,Hartree-Fock 3-21G計算が要求されているか確認してください.ダイアログの一番下のGlobal Calculationsがチェックされていることも確認してください.ダイアログを閉じるためにOKをクリックします.(Setupメニューの)Surfaceダイアログを表示します.最初に,ダイアログの一番下のGlobal Surfacesがチェックされていることを確認します.ダイアログの一番下のAdd…をクリックして,現れたAdd SurfaceダイアログのSurfaceメニューからdensityを,Propertyメニューからpotentialを,(Resolutionメニューからmediumを)選んでOKをクリックします.Surfacesダイアログを閉じます.ジョブを実行してください(SetupメニューのSubmit)名前は"Carboxylic acids_3-21G"とします.
   
4.
計算が終わるのを待っている間に(数分かかります)スプレッドシートを開きます(DisplayメニューのSpreadsheet).7個の分子全てが見え,さらに3つのデータ列が見えるように拡大します.スプレッドシートの一番下のAdd…をクリックし,エントリーされているリストの中からNameを選択しOKをクリックします.それぞれの分子の名前が現れます.次に,次に見えているデータ列のヘッダーセルの中をクリックし,"pKa"と入力しEnterキーを押します.この列の対応するセルに個々の(実験的)pKaを入力します.それぞれ入力したら,Enterキーを押す必要があります.