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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 5 - 有機反応
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2.
をクリックします.(上図の)結合"a"をクリックして,それから結合"b"をクリックします."a"から"b"へ曲線矢印が描かれます.次に結合"c"をクリックし,それから結合"d"をクリックします."c"から"d"へ二番目の曲線矢印が描かれます.最後に結合"e"をクリックし,そして結合"f"をクリックすると三番目の曲線矢印が描かれます.画面上のモデルが,次のように表示されているはずです.
   
 
   
 
画面右下のをクリックすると遷移状態の予想構造が作成されます.
   
3.
Calculationsダイアログを開き,半経験的 AM1を用いた遷移状態の構造計算を指定します.("Compute"の右側の)IRにチェックを入れて振動計算を指定します.これで得られた遷移状態が合理的なものであるかを確認することができます.
   
4.
ジョブを実行します.ジョブ名を"cyclopentadiene+acrylonitrile_AM1"とします.計算が終了したら,得られた構造と振動数を調べます.ただ一つの虚の振動数があることを確認してください.振動モードをアニメーション表示し(Displayメニュー下のSpectraIRタブをクリックしその結果現れたダイアログの虚数の振動数の左側のボックスをチェックします),反応座標に沿った動きであることを確認します.
   
5.
遷移状態の構造をクリップボードに移します.カーソルを分子モデルの少し左上の位置に持っていき,ボタンを同時に押したまま,モデルの少し右下の位置までドラッグし,最後にボタンを放します.点線のボックスがモデルを取り囲みます.EditメニューからCopyを選択します."cyclopentadiene+acrylonitrile_AM1"を閉じます().