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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 5 - 有機反応
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6.
ビルダーを開きます().(モデルキットの一番下の)Clipboardをクリックし画面の任意の場所をクリックします.遷移状態の構造が画面上に表示されます.遷移状態のシクロペンタジエンフラグメントのメチレン基のシンまたはアンチのどちらかの水素をフッ素で置換します.エネルギー最適化させないでください.この構造は,置換した系の遷移状態の初期構造としては良好なもののはずです.
   
7.
File メニューからNew Moleculeを選択します.画面から分子が消えます.Clipboardをクリックしてから,画面上の任意の場所をクリックします.メチレン基の先ほどとは別の位置にフッ素を置換します.

この操作をさらに二回繰り返して(New Moleculeからはじめます),メチレン基のシンとアンチの位置がそれぞれメチル基で置換された二つの遷移状態を得ます.(合計四つの置換した遷移状態が)得られたらをクリックします.
   
8.
Calculationsダイアログを開き,半経験的AM1モデルを用いた遷移状態の構造最適化を指定します.("Compute"の右側の)IRにチェックを入れておきます.最後にダイアログを閉じる前にGlobal Calculationsに必ずチェックを入れておきます.ジョブを実行し,ジョブ名を"Diels-Alder stereochemistry_AM1"とします.計算が終了したら,四つの構造が遷移状態であることを確認します(DisplayメニューからSpectraを使います).
   
9.
"Diels-Alder stereochemistry"のコピーを作ります().名前を"Diels-Alder stereochemistry_3-21G"とします.このコピーのCalculationsダイアログを開き,Hartree-Fock/3-21Gモデルによる一点エネルギー計算を指定します.IRのチェックをはずし,ダイアログを閉じる前にGlobal Calculationsにチェックを入れておきます.
   
10.
ジョブを実行します.計算が終了したら,スプレッドシートを開き(Displayメニュー),全エネルギーを入れます.空白列のヘッダーセル上をクリックしスプレッドシートの下方にあるAddをクリックします.利用できる量のメニューからEを選択し,Energyメニューからau(atomic units)を選択します.OKをクリックします.計算結果は,これらの反応で観測されたシン/アンチ選択性と一致していますか.*
   
11.
画面の全ての分子と残っているダイアログを閉じます.
   
*
スプレットシートで相対エネルギーを計算した方が便利だと気付いた場合は次の操作をしてください.スプレットシートの中の遷移状態の行の先頭をクリックしてから"Add..."ボタンを押して,rel. Eをメニューから選んで下さい.ここでOKを押すとスプレットシートには相対エネルギーが入ります.
フッ素で置換された系ができたらメチル基置換の系でも同じ事をやってみましょう.