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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 5 - 有機反応
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3.
をクリックし,C-Br結合をクリックします.画面右下のボックスのC-Brの距離を3.8(3.8Å)に置き換え,Enterキーを押します."反応物"に相当する"錯体"に変わります.
   
4.
をクリックします.C-Br結合をクリックし,画面の右下のをクリックします.アイコンが表示に変わり,この距離でC-Br結合を固定したことを示しています.次に,Propertiesダイアログを開き,固定マーカーをクリックします.Constraint Propertiesダイアログが現れます.Dynamicをクリックします.Valueの右側のボックスの"3.8"(3.8Å)はそのままにします,しかしtoの右側のボックスの値は1.9(1.9Å)に変更し,Enterキーを押します.この操作によってC-Brの結合距離を3.8Åから1.9Åまで変えた一連の10個の構造が生成するように指定しました.これらの構造は遷移状態を経由するはずです.Constraint Propertiesダイアログを閉じます.
   
5.
Calculationsダイアログを開いてEnergy Profileを選択し,"Calculate"の右のメニューからSemi-EmpiricalAM1を選択します.Total ChargeAnionに変える必要があります.
   
6.
ジョブを実行します.ジョブ名を"bromide+methyl chloride_AM1"とします.計算が終わると,一連の計算結果が"bromide+ methyl chloride_AM1.Profile1"に保存されます.このファイルをひらいて,そして分子を一列に並べます.をクリックし,それから三つの水素を順に選択して画面右下のAlignボタンを押します.をクリックします.
   
7.
Spreadsheetを開き,Addをクリックします.ダイアログの一番上の量のリストからEを選択し,Energy メニューからkcal/molを選択し,OKをクリックします.次に,スプレッドシートにC-Brの距離と,臭素の電荷を入力します.をクリックし,C-Brの距離を選択して,画面の右下のをクリックします.をクリックします.Propertiesダイアログを開きます.臭素をクリックしPropertiesダイアログの"Charges"の下の"Electrostatic"の左側のをクリックします.最後に,Plotsダイアログを開き,X AxisメニューからDistance(C1,Br1)を,Y AxisリストからE(kcal/mol)Electrostatic(Br1)を選択します.OKをクリックします.