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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 5 - 有機反応
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5.
ジョブを実行します.ジョブが終了したら,反応座標に沿った原子の動きをアニメーション表示させます.DisplayメニューからSpectraを選択しIRタブをクリックします.IRダイアログにおけるリストの一番上の値をクリックします.それは虚数の振動数に対応しており,数の前の"i"で示されています.その振動のアニメーションは今注目している反応と一致していますか.また,この振動は他の過程の振動ではありませんか.
 
6.
IRダイアログの下側にあるコントロールボックスで,振動の振幅(Amp)とアニメーションのステップ数(Steps)を変更することができます.後者は"スピードコントロール"として役立ちます.振幅を "0.3"に変更します(Ampの右側にあるボックスに0.3と入力し,Enter keyキーを押して,振幅を "0.3"に変更します).次に,ダイアログの下にあるMake Listをクリックします.これは反応座標を遷移状態から反応物と生成物の両方向に向かって落として得られる構造のグループを生じます.混乱を避けるために,画面からオリジナルの遷移状態の分子を消しておきます."ene reaction 1-pentene_3-21G"(振動している分子)を IRダイアログと一緒に閉じます.
   
7.
Calculationsダイアログを開き,Hartree-Fock/3-21Gモデル(遷移状態を求めて振動数を計算したのと同じレベル)を用いた一点エネルギー計算を指定します.ダイアログを閉じる前に,Global Calculationsに必ずチェックを入れておいて下さい.次にSurfacesダイアログを開き,二つの表面すなわち,結合密度面の表面と結合密度面上に静電ポテンシャルを表示する表面を指定します.Addをクリックし,Surfaceにはdensity(bond)を,Add SurfaceダイアログのPropertyにはnoneを選択しOKをクリックします.再びAddをクリックし,Surfaceにはdensity(bond)を,Propertyにはpotentialを選択,OKをクリックします.Global Surfaceがチェックされているかを確認して下さい.
   
8.
計算を実行します.名を"ene reaction 1-pentene sequence_3-21G"とします.ジョブが終了したらSurfacesダイアログを開き,計算した表面を順に選択します.画面下のキー(あるいは)を使ってそれぞれの構造をステップごとに連続的に表示させるか,反応をアニメーション表示させます().特に結合の変化は結合密度表面によって浮き彫りにされることに注意してください.また,移動している原子の"電荷"にも注意しましょう.これは "プロトン"(青色),"水素原子"(緑色),"ヒドリドアニオン"(赤色)のどれで最も良く表すことができるでしょうか.
   
9.
"ene reaction 1-pentene sequence_3-21G"と残っているダイアログを閉じます.